●株式会社ＥＭ研究機構 http://www.emro.co.jp
・ＥＭ技術およびその周辺運動の発展を期して、世界中で活躍している。
●ＮＰＯ法人地球環境・共生ネットワーク http://www.unet.or.jp
・有用微生物技術の活用を中心に、生ゴミ堆肥化の推進、自然農法の普及をはじめ、汚 水処理、工業利用、産業廃棄物リサイクルの推進など、地球レベルの環境問題を解決するため、奉仕の精神に基づき、広く社会に寄与することを目的としている。
●株式会社ＥＭ生活 http://www.em-seikatsu.co.jp
・EM・X GOLDをはじめＥＭ商品の販売
●エコピュア情報室 http://www.ecopure.info/
・環境マガジンエコ・ピュアを64冊（うち英語版４冊）を発刊し、ＥＭ環境セミナーを開催するなどＥＭの普及活動を行っていて、ＥＭ情報発信基地の役割を果たしている。
●株式会社ＥＭ研究所 http://www.emlabo.co.jp/
・ＥＭ１、ＥＭ２、ＥＭ３、ＥＭＷなどの販売
●有限会社サン興産業 http://www.saion-em.co.jp/
・ＥＭ１、ＥＭ２、ＥＭ３などの販売
●財団法人自然農法国際研究開発センター http://www.infrc.or.jp/
・自然の生態系を利用した農業技術を研究し普及することによって、自然環境を保全し、 農家経済の安定向上と健康で豊かな食生活が達成されることを目的としている。
●株式会社EMOS http://emos.vis.ne.jp/
・ＥＭ培養などの専門業務を代行して各種産業へ安価で高品質のＥＭ応用資材を提供する事を目的としてる。
●環境学習ネットワーク http://www.school-el.net
・学校における環境教育を地域のEM実践者がボランティア活動をベースに支援するのを支えている。
●ＥＭボカシネットワーク http://www.embokashi.net
・全国大小の福祉施設、市民ボランティア団体、環境を考える企業で構成されていて、ＥＭボカシ作りを福祉施設に紹介している。
●ＮＰＯ法人関東ＥＭ普及協会 http://www.emkanto.net
・農業、環境、健康への有用微生物群活用技術に関する情報収集発信、人材育成、流通支援の事業をおこない、人をはじめすべてのいのちを大切にした循環型社会づくりに寄与することを目的とする。
●ホテルコスタビスタ沖縄 http://www.costavista.jp
・有用微生物群「EM」の技術を駆使して建てられた「ホテル」で医食同源をテーマにした食をはじめ、自然治癒力を総合的にサポートするEMスパ、ホテルステイだけでなく、ギャラリー、カルチャーサロンなど、魅力あふれる施設を備えています。
●霞ヶ浦をきれいにする会 http://www.dab.hi-ho.ne.jp/ookura/
・ふるさとの自慢である霞ヶ浦をＥＭの力を借りてきれいにしたいと立ち上がった団体です。